La piccola sala interna dell’Oratorio presenta un altare su cui è posta un’edicola formata da colonnine e timpano semicircolare. La statua della Madonna collocata sull’altare, nasconde in parte l’antichissimo affresco sul muro di fondo riproducente la Madonna delle Grazie seduta in trono con Gesù Bambino, fra i Santi Sebastiano e Rocco. La Vergine sorregge con la mano sinistra una mela che viene osservata con attenzione dal Bambino, raffigurato nudo in piedi sulle sue gambe. San Sebastiano sulla sinistra, ha il corpo trafitto dalle frecce, mentre San Rocco a destra col bastone del pellegrino, fa vedere la piaga della peste sulla gamba.

Nella parte inferiore del dipinto è presente la scritta “Questa opera a fatta fare S Tonio e i fra dei Tonioli 1444 adì II marzo”. Il nome “S Tonio” presente nell’iscrizione, si riferisce ad Antonio Ovetari, la cui famiglia possedeva nel ‘400 diverse proprietà a Cittadella e a San Giorgio in Brenta, fra cui l’Oratorio in oggetto, passato successivamente alla famiglia Borromeo nel 1512.

Antonio Ovetari dispose nel testamento di affrescare la cappella di famiglia presso la Chiesa degli Eremitani di Sant’ Agostino a Padova e l’incarico fu dato a  quattro pittori fra cui Andrea Mantegna, nato ad Isola di Carturo, distante solo pochi chilometri dall’Oratorio. Si può quindi ipotizzare che la famiglia Ovetari avesse in precedenza commissionato all’artista, all’epoca tredicenne, la decorazione dell’Oratorio di Santa Maria delle Grazie. Le imprecisioni nelle proporzioni dei corpi dei personaggi rappresentati sull’affresco, rivelano un autore ancora giovane e non pienamente formato, anche se si notano alcuni particolari precisi e raffinati tipici dell’arte classica soprattutto nell’esecuzione del trono.

Ai lati dell’altare si trovano due affreschi, opera di autore ignoto, eseguiti nella seconda metà del XVII secolo. A sinistra, è dipinto S. Carlo Borromeo in preghiera, mentre a destra si può osservare una raffigurazione di Sant’Antonio col Bambino Gesù. Alla base dell’altare, all’interno di un ovale di stile barocco, si trova la figura di San Pietro che tiene in mano le chiavi della Chiesa.

La famiglia Borromeo aveva molte proprietà in San Giorgio in Brenta fra cui la villa e l’Oratorio di S. Maria  delle Grazie dal 1512.

 Erano originari del borgo di San Miniato al Tedesco in Toscana, da cui si allontanarono nel 1370, a causa della rivolta contro la rivale Firenze, dividendosi in molte città italiane fra cui Milano, Padova, Venezia, Pisa e Genova.

Verso la fine del 1400 Giovanni Borromeo, del ramo milanese, non avendo eredi, chiamò da Padova il marito della nipote Beatrice, Giacomo Vitaliano, proveniente da una nobile famiglia locale.-

Vitaliano si distinse per aver reso molti servigi a FIlippo Maria Viscont e fu da questi ricompensato con vari feudi principalmente nel lago Maggiore .

Nel 1416 lo stesso Filippo Maria Visconti concesse con diploma a Vitaliano I il cambio del cognome in Borromeo.

I principali rappresentanti della famiglia milanese  Borromeo furono S. Carlo Borromeo e il cardinale Federico, entrambi arcivescovi di Milano.

Carlo Borromeo (1538-1584), nipote di Papa Pio IV Medici, divenuto sacerdote e ordinato vescovo, si trasferì a Milano nel 1564. Egli, dopo aver rifiutato molti privilegi e ceduto parte dei beni di famiglia, si dedicò ai poveri della diocesi soprattutto durante la carestia e la pestilenza che colpirono Milano nel 1576-77; fu uno strenuo difensore delle riforme del concilio di Trento e venne proclamato santo nel 1610.

Secondo la tradizione San Carlo Borromeo nel 1562, durante una pausa dal Concilio di Trento, andò a trovare i parenti a San Giorgio in Brenta e si recò a pregare nell’Oratorio.. Il Santo rimase turbato alla vista delle carni ignude del Bambin Gesù e pretese che fossero ricoperti il corpo del Bambino e il busto della Madonna con due abitini lavorati all’uncinetto. Dal 1582 i due vestitini furono applicati sopra le figure con dei chiodi e l’affresco rimase parzialmente ricoperto fino al 1984, quando fu sottoposto a restauro dopo la rimozione delle vesti.

Il cardinale Federico Borromeo (1564-1631), cugino di San Carlo, descritto mirabilmente da Alessandro Manzoni nei Promessi Sposi, fu promotore a Milano della Biblioteca e della Pinacoteca Ambrosiana, inaugurate nel 1609 e tuttora operanti. Il cardinale viene ricordato per il suo grande spirito caritatevole durante la pestilenza del 1630.